农村自建房可以申请公积金，但是要在房屋全部建设完成，房产、土地均已确权登记就可以申请贷款，或者在建成第一层，开始建设第二层时，可以申请贷款，但必须提供第三方抵押物(其他房产)也是可以申请贷款的。
申请住房公积金贷款的流程有哪些
1、初审：由住房资金管理中心对申请人提交的材料进行初步审查，包括申请人资格、贷款额度、贷款期限，初审合格以后，由中心出具《抵押物审核评估通知单》。
2、评估：申请人持《抵押物审核评估通知单》到中心指定的评估机构，对所购买的房屋价值进行评估。经济适用房不需要评估。
3、审核：申请人持评估机构出具的《评估报告》以及中心要求的初审材料到中心进行贷款审核。如果合格，中心开具《住房资金管理中心担保委托贷款调查通知单》。
4、办理担保手续：申请人持《住房资金管理中心担保委托贷款调查通知单》，按照自己选择的担保方式办理担保手续。如果选择抵押+保证的方式，保证人应该出具书面的担保函，如果选择抵押+保险或第三人保证的方式，应该到保险公司投保或到担保机构办理委托担保手续。
5、签订借款合同：带足相关证明及手续到住房资金管理中心签订借款合同。
6、签订协议：住房资金管理中心与受托行签订委托贷款协议。
7、住房资金管理中心审核、审批：借款人直接向住房资金管理中心提出贷款申请，受托行业可根据需要，代为收集借款人申请资料，统一交住房资金管理中心审核、审批。
8、签订贷款合同：住房资金管理中心要对每笔贷款金额、期限、利率审批同意后，与受托行签订委托贷款合同。
9、办理借款手续：受托银行按照委托贷款合同与借款人分别签订《住房公积金委托贷款抵押合同》、《住房公积金委托贷款质押合同》和《住房公积金委托贷款保证合同》三项后，方可办理借款手续。
