1、概念不同：
公寓房是商业地产投资中最为广泛的一种地产形式。公寓房最早是舶来品，相对于独院独户的别墅，更为经济实用。小产权房是指在农民集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发。
2、交易条件不同：
小产权房虽然便宜，但是因为不被国家承认，所以不能上市交易。而公寓房是可以上市交易的。
3、五证区别：
小产权房是缺乏国有土地使用证的，而公寓房是五证齐全的。
4、拆迁区别：
小产权房实际上是属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，就极有可能被拆除，但是因为其不受法律保护，因此也不会得到拆迁安置补偿。公寓房被拆迁是会有一定赔偿的，对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
公寓房的优点
1、小而温馨，适合两人世界
虽说这类房子的范围比较小，但是相比其它住宅来说，却有一种都市时尚感，极易营造出一种温馨而亲密的感觉，另外较小的户型，平时打扫收拾的麻烦也少了很多，很适合年轻的情侣和新婚小夫妻居住。只要花点心思装点一下，马上就能拥有一套浪漫的爱情公寓了。
2、周边环境好，工作生活两不误
通常来讲，这类住宅的环境都比较好，周边会拥有良好的环境氛围和丰富的生活配套，也不用挤公交，节省时间成本。家门口生活，购物餐饮娱乐一应俱全，方便快捷高品位。在这里生活工作两不误、从容惬意。
3、省钱便宜投入小
由于房价过于昂贵，所以并不是所有的人都能买得起大户型的屋子，有时候即使买得其，可能也是在繁华商业中心的地方了。公寓虽然每平米单价较高，但是总价肯定比大户型要便宜得多，对于刚进入社会的年轻人来说负担会小很多。
