1、城镇居民购买小产权房不能办理产权证过户手续。根据《房屋登记管理办法》第87条规定，申请农村村民住房所有权转移登记，受让人不属于房屋所在地农村集体经济组织成员的，房屋登记机构应当不予办理。因此，城镇居民购买小产权房不能办理房屋产权证过户手续。
2、非法购买集体土地违法建设的小产权房不能取得土地权证和房屋产权证。城镇居民通过购买农村集体土地建房，由于城镇居民不属于农村集体经济组织成员，所以不能取得宅基地使用权证和房屋产权证。
3、非法建设的小产权房有被强制拆除的风险。城镇居民通过购买农村集体土地建房不能办理宅基地使用权证房屋产权证或者购买农村居民非法建设的房屋，属于非法建筑，一旦被查处，可能面临罚款和强制拆除的风险，且不会有任何补偿。
4、可能面临拆迁补偿的争议和纠纷。由于购买小产权房不能办理过户手续，也就是房屋还是登记在农村居民名下，一旦国家征收土地，那么拆迁补偿款将补偿给房屋登记产权人，由此可能导致纠纷产生讼累。
5、卖方反悔，小产权房买卖合同可能被认定为无效合同。小产权房交易违反国家法律的强制性规定，签订的买卖合同有可能被法院认定为无效。根据买卖双方的过错承担责任，房屋可能要返还。
6、质量难以保证。在房屋建设过程中，多数由个人自行建设，质量没人监督，无人竣工验收，建筑过程中可能偷工减料，存在安全隐患。
7、配套不完善。部分房子没有天然气、暖气等配套设施。水、电提供也无保障。
8、不能贷款购买。购买小产权房只能一次性付款或分期付款，不能办理贷款。
小产权房买卖注意事项
小产权房只能转让使用权，不可买卖。同时转让需满足以下四点：
1、需经本村村民委员会同意和乡级政府批准;
2、转让人与受让人同为本村村民;
3、受让人无宅基地，符合宅基地申请条件;
4、宅基地使用权不能单独转让，须与住房一并转让。
另外，转让人户口应该已迁出本村或属于“一户多宅或多房”。如系一户一宅，须明确表示不再申请宅基地，且有证据表明其已有住房保障，如与其他近亲属合户居住。
