1、概念不同：
扶贫房是扶贫房属于小产权房，所使用的土地一般是集体土地或者国有划拨土地，因此扶贫房是没有房产证的。
危房改造是指结构已严重损坏或承重构件已属危险构件，随时有可能丧失结构稳定和承载能力，不能保证居住和使用安全的房屋。
2、申请对象不同：
扶贫房针对的人群是贫困残疾人家庭或低收入家庭。而危房改造针对的是农村低保户，五保户，困难户，贫困户。
危房改造国家补偿标准是什么
一级，国家补贴金额为2万元；二级危房，国家补贴金额为0.5万元；三级，国家补贴金额为0.3万元。
低保户户均补助标准：一级危房，国家补贴金额为2万元；二级危房，国家补贴金额为0.3万元；三级危房，国家补贴金额为0.2万元。根据《住房城乡建设部国家发展改革委财政部关于做好农村危房改造工作通知》。
农村危房改造补助标准分为拆除重建(异地新建)补助标准和修缮加固补助标准。拆除重建(异地新建)的建档立卡贫困户、低保户补助标准为5万元/户；分散供养特困人员和残疾户补助标准为3.5万元/户；一般户补助标准为3万元/户。此外，依照实际情况分C级危房和D级危房进行修缮加固，补助标准以实际工程量计算。
真正困难群体很难获益。目前，危房改造补助方法还是欠完善。在农村频繁进行房屋改造更新换代的并非住旧房、危房的贫困户，而是经济条件相对富裕的农户。贫困农户虽有意改造危房、旧房，但是毕竟危房改造补助款还是有限，改造费用多半还得靠自己筹，所以面对危房改造就成了心有余而力不足了。
