1、放款速度慢：由于组合贷款涉及商业银行、住房公积金管理中心、担保公司等多个机构，办理周期通常需要两三个月，甚至更长。
2、必须两者同时放款：由于公积金和商业贷款审批部门不同，所以需要两个部门均审批通过才可放款。
3、利率并不一定比纯商贷低：纯商贷通常可以打8.5折，以后就算基准利率有变化，这样的折扣也不会改变，相反，组合贷中商贷部分上浮却是具有永久属性的。
4、必须同一家银行：申请组合贷款时，必须在同一家银行办理公积金贷款与商业贷款，而且还要到指定的银行办理，而且需要同时符合商业贷款与住房公积金贷款的政策要求，否则首付比例和贷款利率标准都会有所上浮。
组合贷款的流程
1、提出申请：申请购房组合贷款人向当地住房资金管理提出书面申请，并提交有关资料;
2、签订合同：申请购房组合贷款人获得住房公积金个人住房贷款额度之后，拿公积金管理部门出具的《公积金个人住房贷款委托通知单》，向贷款企业银行申请组合贷款。申请通过后，需与贷款企业银行签订借款合同和担保合同并且进行公证;
3、办理抵押保险：签订合同后，到贷款银行办理抵押登记保险及其他必须的手续，以及缴纳抵押登记与保险费用，将保险单正本交给贷款银行保管;
4、开立帐户：选用委托扣除款方式还款的客户，在贷款行开立还款专用的储蓄存折账户，同时，售房人要在贷款企业银行开立存款专户;
5、支用款项：申请购房组合贷款人在银行填制购房组合贷款存凭证，然后贷款企业银行按照合同约定将贷款直接转入借款人的存款账户内。
办理组合贷款所需材料
1、申请人、配偶、所有共同借款人身份证(原件、复印件);
2、结婚证(原件、复印件)、离婚证明(原件、复印件)、未婚证明;
3、户口本原件及复印件(集体户口需要首页和本人那页);
4、所有借款人的收入证明(自己单位确认盖章);
5、首付款发票;
6、公积金账号(包括共同借款人);
7、房产开发商收款账号;
8、房产开发商的资质证明、营业执照、法人代表的身份证复印件;
9、预售许可证(期房)或者大产证(现房)复印件;
10、预售合同(期房)或者出售合同(现房)原件。
