一般来说组合贷款中公积金贷款部分采取自由还款方式，商业贷款部分才用贷款银行认可的还款方式。其中公积金贷款的扣款方式首先，借款人委托贷款银行通过储蓄卡、存折等方式代扣偿还贷款本息。
借款人在委托贷款银行通过储蓄卡、存折代扣每月偿还贷款本息的同时，也应委托公积金中心和贷款银行，在其按月偿还贷款本息后，每月提取本人及配偶的住房公积金(含补充住房公积金及按月住房补贴)划入借款人住房公积金卡银行储蓄账户，作为下月偿还贷款本息的代扣资金。
申请组合贷款有什么注意事项
1、用足公积金贷款：对于选择组合贷款买房的购房者来说，在申请房贷的时候需要对贷款金额进行规划，购房者应该尽量用足公积金贷款，并尽量延长贷款期限，同时大程度的缩短商业贷款期限，以便降低月还款额，同时节省贷款成本。只有公积金缴存者可申请组合贷款。所谓的组合贷款，即“商业贷款+公积金贷款”的贷款模式，所以想要申请此项贷款，借款人必须在拟购房所在地按时足额缴存了公积金，且公积金账户仍处于正常缴存状态中。
2、要选定适合自己的还款方式：不同的还款方式适合不同的购房者，组合贷款的购房者在申请房贷之前是需要选择好还款方式的，在与银行签订借款合同时，要先对这些还款方式进行了解，确定适合自己的还款方式，因为还款方式一旦在合同中约定，一般在整个借款期间就不得更改。
3、确定贷款金额：购房者在申请组合贷款之前，需要先确定自己的贷款金额是多少，然后再确定公积金贷款多少，商业贷款多少，申请组合贷款的最高可贷额度，是由两个方面决定的，分别是公积金贷款的最高额度和商业贷款的最高额度，两者中较低者，就是组合贷款最终的可贷款额度。申请组合贷款中，公积金部分申贷金额一经确定不可更改，所以贷款申请人及配偶，需到公积金管理中心查询最高可贷款金额。
